W dużym uproszczeniu – wpis budynku do ewidencji zabytków nie powoduje tak daleko idących konsekwencji jak wpis budynku do rejestru zabytków, który wiąże się z koniecznością prowadzenia licznych uzgodnień i uzyskiwania pozwoleń od konserwatora zabytków w przypadku wykonywaniu większości prac przy zabytku. Ta dolegliwość, czyli dosyć ograniczone (przynajmniej w teorii) pole manewru przy modyfikowaniu wyglądu budynku wpisanego do rejestru zabytków, jest jedną z przyczyn przewidzenia wskazanej powyżej bonifikaty w ustawie o gospodarce nieruchomościami.

Należy jednak zauważyć, że w ustawie o gospodarce nieruchomościami jest wyraźnie mowa o nieruchomości lub jej części wpisanej do rejestru zabytków. W związku z tym dla zastosowania bonifikaty konieczny jest wpis właśnie do rejestru zabytków, a nie do gminnej ewidencji zabytków. Wpis do gminnej ewidencji zabytków nie powoduje zatem naliczenia bonifikaty.

Co jednak z przypadkami, w których co prawda budynek nie jest indywidualnie wpisany do rejestru zabytków, ale znajduje się na obszarze wpisanym do rejestru zabytków? Odpowiedź na to pytanie znajduje się w wyroku Sądu Najwyższego z dnia 18 grudnia 2002 r. (sygn. akt: I C 1268/00), zgodnie z którym: 

“[…]Takie unormowanie ma głęboki sens i jest racjonalne, za uznaniem bowiem konieczności wpisu danej, a zatem konkretnej, nieruchomości do rejestru zabytków jako przesłanki stosowania art. 68 ust. 3 i art. 3 art. 73 u.g.n. przemawia wzgląd na taką ochronę zabytków, w następstwie której na podstawie ustawy o dobrach kultury nakładane są na właścicieli nieruchomości wpisanych do rejestru zabytków liczne i zarazem konkretne obowiązki, ciężary i ograniczenia własności, jak np. bezwzględny obowiązek użytkowania zabytku nieruchomego w sposób zgodny z zasadami opieki nad zabytkami i w sposób odpowiadający jego wartości zabytkowej (art. 38 ust. 1 u.o.d.k.), a co więcej, nakładane są nawet zakazy karne zagrożone sankcją (art. 78 tej ustawy), które nie odnoszą się do właścicieli nieruchomości położonych wprawdzie w strefie zespołu budowlanego wpisanego do rejestru zabytków, ale co do których nie wydano indywidualnych decyzji o wpisie do tegoż rejestru. Właśnie z tej racji obniża się o połowę cenę lub opłatę za użytkowanie wieczyste nieruchomości wpisanych do rejestru (art. 68 ust. 3 w związku z art. 73 ust. 3), jako swego rodzaju ekwiwalent wspomnianych obowiązków i ograniczeń (zob. uzasadnienie wyroku Sądu Najwyższego z dnia 20 kwietnia 1995 r., I CRN 37/95, OSNC 1995, nr 9, poz. 133). Takie rozwiązanie jest poza tym spójne z konstrukcją nieruchomości, przyjętą przez ustawodawcę w art. 46 § 1 k.c. Z tych wszystkich względów za nietrafny uznać należy zarzut skarżących, że gdyby ustawodawca, redagując treść art. 68 ust. 3 i art. 73 ust. 4 u.g.n., zamierzał uzależnić udzielenie obligatoryjnej bonifikaty od wydania indywidualnej decyzji, to użyłby sformułowania „nieruchomość odrębnie wpisana do rejestru zabytków”, jak to uczynił w ustawie z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych, w art. 7 ust. 1 pkt 6, zaznaczając, że „zwalnia się od podatku od nieruchomości: grunty i budynki wpisane indywidualnie do rejestru zabytków”. Zdaniem skarżących, ustawodawca, mimo że znał już wcześniejsze pojęcie: „nieruchomości wpisanej indywidualnie”, w ustawie o gospodarce nieruchomościami użył jednak innego, bardziej ogólnego sformułowania, stąd też trudno uznać, że było to działanie przypadkowe. Jeżeli więc sporna nieruchomość położona jest na terenie osiedla „Ż.O.”, które jest wpisane do rejestru zabytków i zarazem położona jest w granicach strefy ochrony konserwatorskiej „Ż.H.”, to nasuwa się wniosek, że nieruchomość ta objęta jest dwukrotnie wpisem do rejestru zabytków. (…) Należy zatem stwierdzić, że w razie oddania przez jednostkę samorządu terytorialnego w użytkowanie wieczyste nieruchomości gruntowej zabudowanej i sprzedaży usytuowanego na niej budynku, nie wpisanej do rejestru zabytków i położonej na obszarze wpisanego do rejestru zabytków zespołu budowlanego (osiedla) o wartości historycznej oraz (lub) w obrębie strefy objętej ochroną konserwatorską ze względu na założenia urbanistyczne (układ ulic i zabudowę), nie mają zastosowania art. 68 ust. 3 i art. 73 ust. 4 u.g.n., dotyczące obowiązkowego obniżenia ceny i opłaty z tytułu użytkowania wieczystego.”

Reasumując, Sąd Najwyższy doszedł więc do wniosku, że bonifikacie powinny podlegać nieruchomości, które są indywidualnie wpisane do rejestru zabytków, nie zaś te, które znajdują się na obszarze wpisanym do rejestru zabytków, ale nie posiadają indywidualnego wpisu.